Б. Мұқышев М.В. Ломоносов атындағы Мәскеу мемлекеттік университеті физика факультетінің түлегі (1993), физика-математика ғылымдарының кандидаты (PhD). 2000 жылы «Экономика жоғары мектебі» ҒЗУ-де Әкімшілік ету саласы бойынша магистр дәрежесін, сонымен қатар MBA дәрежесін алды (Yale University, АҚШ, 2003). CFA сертификатына ие.
Кәсіби қызметін ол 1995 жылы, қаржы саласында жұмыс істеу негізінде бастады,. 2003 жыл мен 2014 жыл аралығында банк саласында және «Москоммерцбанк» коммерциялық банкі, «IC East Capital», «НБК-Финанс» пен «НБК-Банк» сияқты ірі инвестициялық компанияларда басшылық қызметтер атқарды. 2009-2011 жылдар аралығында «Даму» кәсіпкерлікті дамыту қоры» АҚ-ның Басқарма төрағасы, әрі Kaznex Invest Басқармасының тәуелсіз мүшесі болды (2016). 2023 жылдан бастап – «Мемлекеттік кредиттік бюро» АҚ Директорлар кеңесінің тәуелсіз мүшесі.
Almaty Management University-нің «Экономика және қаржы» мектебінде жұмыс істеген, оқытушылық саласында 10 жылдық тәжірибесі бар. Академиялық қызығушылық сфералары: альтернативтік инвестициялар, инвестициялық талдау және бизнесті бағалау.
Директорлар Кеңесінің төрағасы ретінде Болат Мұқышев Университеттің қаржылық, ғылыми және білім беру қызметін стратегиялық тұрғыдан дамыту мәселелеріне жетекшілік ететін болады. Ол 2022 жылдан бастап Нархоз университетінің Директорлар Кеңесін басқарған Марат Атнашевтің орнына келді.